Для контроля превышения поставщиком своей допустимой наценки обращайте внимание на соответствующее поле в накладной,
Для корректной расценки необходимо настроить максимальные значения наценки для поставщика в вашем регионе (на скриншоте ниже п. 2 - настройка клиентского уровня для сети, настраивается для всех аптек вашего региона). Если у вас в сети есть аптеки с отличными коэффициентами наценок (к примеру, некоторые аптеки находятся в другом регионе), настройте п.3 (на скриншоте ниже) - Настройки для склада только в этих аптеках.
Для проверки наличия в вашей аптеке превышений цен на ЖНВЛС воспользуйтесь инструкцией Превышение ЖНВЛС.