Протокол ЖНВС для аптек печатается в зависимости от выбранного типа налогообложения.
Глобальные параметры налогообложения (Учет - Настройки - Работа с накладными).
Настройки налогообложения для маркированного товара, если вы используете несколько систем налогообложения одновременно (Учет - Настройки - Печать - Принтер чеков). Подробнее о возможности работы с несколькими СНО в статье тут.
Для возможности печати протокола с СНО, отличной от текущей (установленной в настройках, описанных выше), существует возможность установить её принудительно для документа Протокол ЖНВЛС. Это может быть актуально для аптек, сменивших СНО и печатающих протокол за старый период. (Учет - Настройки - Печать - Документы - Протокол ЖВ)